在统治热那亚时期,多里亚以贵族的视角对宪法进行了改革,消除了困扰共和国数世纪的派系,建立了一个由城市主要贵族家庭组成的新寡头政府,形成了28个“阿尔贝尔吉”(Alberghi)或“家族”。
这些新兴统治阶级的28个阿尔贝尔吉包括了西波家族(Cybo)、多里亚家族(Doria)、菲斯基家族(Fieschi)、朱斯提尼亚尼家族(Giustiniani)、格里马尔迪家族(Grimaldi)、因佩里亚尔家族(Imperiale)、帕拉维奇诺家族(Pallavicino)和斯皮诺拉家族(Spinola)等。
他拒绝了担任热那亚领主甚至公爵的提议,但接受了“永久审查官”的职位,直到去世都在共和国的理事会中发挥着重要影响。
在这个背景下,“审查官”的称号源于古罗马的意义,即一位备受尊敬的高级公职人员,而非现代意义上与审查相关的含义。
他获得了两座宫殿、许多特权,以及“解放者与祖国之父”(LiberatoretPaterPatriae)的称号。
他定居在位于法索洛(Fassolo)的一座新修复的别墅内,该别墅是文艺复兴时期的杰作,名为“王子别墅”(VilladelPrincipe),位于现已拆除的圣托马索门(PortadiSanTomaso)外,直到去世一直居住在那里。
为了保护恢复后的共和国免受未来外敌的攻击,安德烈亚·多里亚赞助了新城墙的建设。
这座城墙于16世纪30年代建成,由军事工程师乔万尼·玛丽亚·奥尔贾提(GiovanniMariaOlgiati)设计。
新城墙实际上沿袭了14世纪旧墙的路径,但将旧有的方形塔楼和墙体替换为新的幕墙和三角形堡垒。
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多里亚再次开始专注对付奥斯曼帝国和巴巴里海盗。
1529年,西班牙舰长罗德里戈·德·波图多(RodrigodePortundo)被海雷丁·巴巴罗萨的副手艾丁(Aydin)和萨利赫(Salih)击败。
多里亚雇佣了法国雇佣军,发动了对巴巴罗萨保护下的谢尔谢尔(Cherchell)的攻击,洗劫了该港口并解放了许多基督教囚犯,由于雇佣军纪律涣散,当他的舰队在土耳其人到来之前不得不启航时,他最终抛弃了他们,任其自生自灭。
1532年9月,针对四月土耳其入侵匈牙利的情况,多里亚带领一支由西班牙和热那亚组成的舰队,出动48艘战舰和35艘其他船只,攻击了爱琴海的奥斯曼阵地。
他抵达达达尼尔海峡和伯罗奔尼撒半岛,夺取了科罗内(Corone)和帕特雷(Patras)。
次年,奥斯曼帝国试图通过吕特菲帕夏(LütfiPasha)指挥的庞大舰队收复科罗内,但多里亚以巧妙的战术将其击败,在无风的情况下通过用他的战舰拖拽船只来机动应对土耳其舰队。
爱德蒙·于连·德·拉·格拉维耶(EdmondJuriendeLaGravière)将他在战斗中的战术称为16世纪最巧妙的海上作战之一。
巴巴罗萨则从阿尔及尔和突尼斯发起了自己的攻势,他的犹太副手西南·雷斯(SinanReis)给予了支持。
1535年,查理五世号召征服突尼斯,多里亚与另一位新兴的海军指挥官阿尔瓦罗·德·巴赞(álvarodeBazántheElder)共同分享海军指挥权。
舰队成功占领了突尼斯,但巴巴罗萨成功逃脱。
查理意图继续进攻阿尔及尔,但天气却阻碍了行动。
次年,巴巴罗萨伪装27艘战舰为西班牙船只,对巴利阿里群岛发动攻击并洗劫,导致多里亚带着30艘战舰追击他,并接到查理五世的命令,务必生擒或斩杀这位土耳其海盗,但巴巴罗萨再次逃脱。